Keberadaan DIY memang memiliki nilai historis yang cukup menentukan dalam upaya mempertahankan kemerdekaan dalam upaya penjajahan kembali oleh belanda. Selain itu DIY adalah wilayah kerajaan yang tidak sepenuhnya di jajah belanda. Dengan demikian sebenarnya apabila DIY tidak menyatakan diri mendukung dan bergabung dengan Indonesia tetapi mau merdeka sendiri maka kemungkinan besar sejarah akan berbeda dengan saat ini. Selain itu keberadaan sri sultan HB IX yang merupakan raja Jogjakarta,dalam rangka mendukung kemerdekaan sangat terasa saat itu.
Alasan tersebut bukanlah alasan yang cukup mendasar, sebab daerah-daerah lain pun juga demikian, mereka berjuang mati matian melawan belanda. Sebagai seorang pahlawan pengorbana sri sultan HB IX merupakan wujud kepahlawanan. Apabila sri sultan tidak melakukan hal itu dapat saja beliau dianggap sebagai penghianat pejuang.
Alasan kepahlawanan sebagai dasar penetapan sri sultan HB IX dan pakualam sebagai kepala daerah bukanlah suatu alasan yang patut diperjuangkan karena akan menimbulkan kecemburuan pada daerah lain. Sebab dengan demikian maka kerajaan lain diluar DIY dingggap tidak berjuang. ( Dr Inu kencana syafii)
Dengan diadakannya Pemilihan langsung ini tentu akan mempermudah melakukan proses check and balances antara kekuasaan eksekutif dan legislatif. Pemilihan langsung, akan menetapkan Sultan setara dengan Gubernur lainnya yang tak kebal terhadap krtitik. pemilihan langsung kepala daerah adalah cara yang tepat dan pantas berdasarkan prinsip-prinsip dan nilai-nilai yang menjadi spirit pemerintahan demokratis konstitusional.
Oleh karena itu pemerintah harus bersikap arif agar dapat menghargai sensitivitas masyarakat DIY yang masih banyak meminta agar gubernur DIY ditetapkan bukan dipilih secara langsung. Untuk menghargai masyarakat diperlukan masa transisi beberapa tahun untuk menerapkan sistem pemilihan di DIY. Dengan adanya masa transisi maka dualisme pemerintahan DIY dengan pengangkatan gubernur utama dan wakil gubernur Utama DIY tidak perlu ada. Dualisme pemerintahan itu, bertentangan dengan prinsip dan nilai-nilai demokratis konstitusional maupun efisiensi pemerintahan. pemilu kada merupakan koreksi dari pelaksanaan pemilihan melalui DPRD.
Sultan Hamengku Buwono dan Sri Paku Alam tetap harus ditempatkan sebagai figur pemersatu. Biarlah mereka berdua tetap menjadi tokoh bagi keistimewaan itu sendiri. Keduanya tetap sebagai kepala wilayah. Lalu pemerintahan sehari-hari dilaksanakan orang lain. Tetapi tidak terlepas sama sekali dari keduanya. Jadi itu merupakan penghormatan kita terhadap keistimewaan. menurut saya Sri Sultan dan Paku Alam tidak menjadi pejabat politik. Kerena Itu justru akan menghilangkan unsur keistimewaan. Saya khawatir jika mereka berpolitik, akan terseret arus politik ke sana kemari.